La réglementation européenne et française incite de plus en plus les porteurs de projet à prendre en compte les enjeux environnementaux. Cependant, les milieux naturels demeurent des acteurs absents dans les processus de décisions d'autorisation de ces projets. Ceci entraine une stagnation, voire une dégradation de la qualité des milieux, notamment aquatiques, alors que des textes, comme la Directive Cadre sur l'Eau, donnent clairement pour objectif la restauration des ces milieux. Ce constat montre également une opposition avec la volonté de beaucoup d'acteurs de s'impliquer dan des démarches d'écologie industrielle et territoriale. De ce fait, il est nécessaire de modifier la manière de concevoir les systèmes de traitement des effluents. L'effluent ne doit plus être considéré comme un déchet mais comme un produit. Le milieu récepteur ne doit plus être considéré comme un récepteur passif mais comme une partie prenante. En considérant ses besoins et en les croisant avec les caractéristiques et les effluents de l'activité projetée, il est possible d'établir un cahier des charges et suivant des critères et indicateurs environnementaux, techniques, réglementaires et financiers. Différentes applications sont attendues pour cette méthode, comme des outils de gestion territoriale et des outils d'aide à la décision pour les porteurs de projet.